Die Jugendkapelle wurde 1964 mit mehr als 50 Jugendlichen gegründet. Der damalige Dirigent war Erwin Hug. 1965 hatten sie bereits einen ersten erfolgreichen Auftritt zum Stadtjubiläum "600 Jahre freie Reichsstadt". Durch viel Fleiß erspielte sich die Jugendkapelle einen festen Platz im kulturellen Leben der Stadt.

Günther Lubrich übernahm Mitte der 80er Jahre die Leitung der Jugendkapelle. Gleichzeitig war er Jugendleiter und fungierte auch bei vielen Anlässen als Dirigent des Orchesters. Es ist sein großer Verdienst, dass es in Isny seit mehr als 40 Jahren eine Jugendkapelle gibt. Wolfgang Graef übernahm 1990 die Stadtkapelle sowie die Jugendkapelle. Die Kapelle wurde umgetauft in "Stadtjugendkapelle Isny" und es wurde der intensive Kontakt und die Zusammenarbeit mit den Isnyer Landkapellen Beuren, Bolsternang und Rohrdorf gesucht und gefunden. Alle Isnyer Musikkapellen schicken ihre jungen Musiker in die Stadtjugendkapelle Isny. Die "Jugendkapelle Isny" stand von 1994 bis 2003 unter der Leitung von Paul Sevenich. Neben vielen Teilnahmen an Wertungsspielen in den vielen Jahren seit bestehen der Kapellen ist das letzte besonders hervorzuheben. Beim Kreisjugendtag in Altshausen erspielte sich die Stadtjugendkapelle Isny mit dem Stück. .,a Day at the circus" die Höchstnote „hervorragend". Nachdem Paul Sevenich sich am Herbstkonzert 2002 von der Stadtjugendkapelle verabschiedete um wieder in seine alte Heimat ins Ruhrgebiet zurückzukehren und dort in Ratingen eine Stelle als Musikschulleiter anzunehmen, dirigierte Cornelia Ohmayer übergangsweise, bis Torsten Steppe im März 2003 die Leitung der Stadtjugendkapelle übernahm. Gleichzeitig nahm er die Stelle als Lehrer an der JMS für Posaune und Tiefes Blech an und wurde auch Zweigstellenleiter der JMS in Isny.

2005 Nahm Christian Beemelmans die freigewordene Stelle als Dirigent der SJK an.